12月26日下午，中國科學(xué)院上海營養(yǎng)與健康研究所所級科學(xué)數(shù)據(jù)中心舉辦了“微生物基因組數(shù)據(jù)的匯交與共享”培訓(xùn)，旨在幫助科研人員了解和掌握微生物基因組數(shù)據(jù)匯交的概況和流程等。本次培訓(xùn)由中心高級工程師劉婉擔(dān)任主講人，她在微生物以及合成生物學(xué)數(shù)據(jù)庫與數(shù)據(jù)倉庫工作方面具有豐富經(jīng)驗(yàn)，參與國家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃、國家自然科學(xué)基金重大研究計(jì)劃等多個(gè)項(xiàng)目，發(fā)表SCI期刊論文6篇。
劉婉首先介紹了微生物系統(tǒng)和基因組學(xué)數(shù)據(jù)庫（eLMSG）的設(shè)計(jì)理念、系統(tǒng)功能和數(shù)據(jù)匯交概況，隨后詳細(xì)介紹了微生物基因組數(shù)據(jù)的匯交流程，并進(jìn)行了在線演示。學(xué)員們積極參與，踴躍發(fā)言，與劉婉進(jìn)行了深入交流和討論。此次培訓(xùn)使學(xué)員們更深入地了解了所級科學(xué)數(shù)據(jù)中心提供的微生物基因組數(shù)據(jù)的匯交與共享服務(wù)，并為科學(xué)研究提供了有力支持。
營養(yǎng)與健康所所級科學(xué)數(shù)據(jù)中心將繼續(xù)舉辦相關(guān)主題的培訓(xùn)活動(dòng)，以幫助更多的科研人員了解中心提供的保全、保供、增值、定制等四類服務(wù)。同時(shí)，所級科學(xué)數(shù)據(jù)中心也歡迎科研人員提出寶貴意見和建議，以進(jìn)一步完善和提升服務(wù)質(zhì)量。通過與科研人員的積極互動(dòng)和反饋，中心將不斷改進(jìn)服務(wù)流程和技術(shù)支持，以滿足科研人員的需求，為科研人員提供更加優(yōu)質(zhì)的服務(wù)。
關(guān)于eLMSG數(shù)據(jù)庫：
eLMSG（eLibrary of Microbial Systematics and Genomics；http://www.biosino.org/elmsg）旨在建立經(jīng)過認(rèn)證的系統(tǒng)分類清晰的微生物分類及基因組數(shù)據(jù)庫。該數(shù)據(jù)庫不僅整合了分類學(xué)信息，還包括物種對應(yīng)的基因組信息和表型信息(包括形態(tài)學(xué)、生理學(xué)、生物化學(xué)和酶學(xué)等)。首先，eLMSG的分類系統(tǒng)是人工審編的，包括了所有生效發(fā)表的和部分有效發(fā)表的分類學(xué)數(shù)據(jù)。每個(gè)分類層級收集包括拉丁文名稱、分類學(xué)ID(NCBI taxonomy)、詞源、所在分類層級、分類家系、生效和/或有效發(fā)表年份、特征描述、典型分類名稱以及分類歷史上的修改歷史等分類學(xué)信息。其次，從文獻(xiàn)中提取和審編相關(guān)物種的表型數(shù)據(jù)將整合到eLMSG中進(jìn)行展示和檢索。最后，物種層級數(shù)據(jù)還包含16SrRNA基因和基因組序列的信息。物種層級的基因組數(shù)據(jù)收集了每個(gè)物種包括典型和非典型菌株的所有公開可用的基因組數(shù)據(jù)，而且還提供標(biāo)準(zhǔn)化分析流程進(jìn)行重新注釋。綜上，eLMSG是一個(gè)研究微生物系統(tǒng)學(xué)和基因組學(xué)的綜合性平臺，對了解微生物分類學(xué)、自然進(jìn)化過程和生態(tài)關(guān)系有非常重要的作用。
劉婉高級工程師作培訓(xùn)報(bào)告
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